Existem fatores ambientais e nutricionais que afetam a eficiência produtiva e reprodutiva de machos e fêmeas de animais de interesse zootécnico. O presente projeto tem como objetivo identificar e avaliar estes fatores utilizando abordagens metodológicas modernas, tais como, proteoma, transcriptoma, expressão gênica, RNA-seq, microscopia eletrônica e confocal a laser. Os enfoques principais serão quanto a alterações reprodutivas provocadas por problemas na espermatogênese de bovinos, suínos e aves industriais (peru e galo) e na imunologia uterina, em especial em bovinos. Também será dada ênfase a alterações morfofisiológicas no trato digestivo e respiratório provocadas pelo meio ambiente e pelo manejo inadequado, que possam ou não interferir na eficiência reprodutiva. Palavras-chave: proteoma, transcriptoma, expressão gênica, cromatina, RNA-seq, espermatozoide, útero