A partir do estabelecimento de algumas biotécnicas de reprodução assistida, a multiplicação de animais de alto mérito genético pôde ser otimizada num nível que pudesse acelerar ganhos genéticos no contexto dos programas de melhoramento animal. Nos últimos anos, a produção in vitro de embriões (PIVE) vem se desenvolvendo e hoje já suplantou em muito a produção in vivo de embriões (TE). Além da PIVE, a clonagem por transferência nuclear (TN), apesar de ainda muito ineficiente, já está sendo comercialmente utilizada com um grande potencial. Um dos maiores desafios para essas duas técnicas é a obtenção de um ovócito de boa qualidade. Vários fatores tais como estado sanitário e nutricional da doadora, transporte após aspiração, sistema de maturação in vitro e o ambiente folicular onde este gameta está inserido são determinantes para a qualidade do ovócito. A nível bioquímico, o ovócito deve estocar uma população de mRNAs e proteínas que será usada no momento da maturação, fecundação e desenvolvimento embrionário inicial até a ativação genômica do embrião e se submeter a uma extensa reprogramação epigenética para estar apto à fecundação e formação de um embrião viável. Portanto, a caracterização e o entendimento de como se estabelece o estoque materno de mRNAs e proteínas nos ovócitos e a reprogramação epigenética nos gametas e embriões são essenciais para a prospecção de marcadores relacionados à qualidade de gametas e embriões almejando o incremento da eficiência da PIVE e TN. O projeto tem por objetivos determinar o padrão de metilação e hidroximetilação global, metilação em regiões específicas de genes imprinted e expressão gênica em gametas e embriões bovinos e suínos. Quanto melhor se conhecer e entender a população de mRNAs e proteínas, a reprogramação epigenética e toda a regulação gênica que acontece durante a ovogênese, foliculgênese e embriogênese, maiores serão as possibilidades de desenvolvimento de sistemas de produção de embriões mais eficientes, viabilizando cada vez mais as biotécnicas de reprodução assistida.